Как и любое блюдо, приготовляемое из сырых или подвергающихся незначительной термообработке продуктов, суши являются скоропортящимися и при хранении могут стать питательной средой для развития опасных бактерий. Употребление долго и/или неправильно хранившихся суши может привести к целому ряду желудочно-кишечных заболеваний. Поэтому срок хранения приготовленных суши не превышает нескольких часов, наилучшим же вариантом является употребление суши сразу после приготовления.

Суши — потенциальный источник гельминтов, а именно описторхис, широкого лентеца, нематод. Все они способны привести к целому ряду тяжёлых нарушений здоровья (гельминтозов). Внешне заражённая рыба ничем не отличается от здоровой. Соусы, вопреки распространённому мнению, не решают проблему.

Из-за опасности заражения паразитами для суши предпочитают морскую рыбу, которая гораздо реже оказывается заражённой, однако и морская рыба вовсе не безопасна: нематоды, например, поражают множество видов морских рыб, по некоторым данным,[7] сельдевые в Балтийском море заражены на 30 %, в Северном — на 55 % и более. Единственным способом защиты от паразитов (кроме соления и термической обработки, неприемлемых для приготовления суши), является замораживание. Согласно СанПиН 3.2.1333-03 для обеззараживания рыбы необходимо выдержать её, охлаждённой до температуры −18 °C в течение 36 часов или до температуры −27 °C — не менее 12 часов (можно заметить, что на территории Европейской России суши, как правило, готовятся из морепродуктов, которые транспортируются и хранятся в глубоко замороженном виде, либо из солёной рыбы, не представляющей опасности). Безопасны в отношении гельминтов суши с копчёной рыбой — копчение убивает паразитов.

Ещё одним опасным фактором может быть высокое содержание тяжёлых металлов в суши, приготовляемых из некоторых видов морской рыбы. Исследования, проведённые в США, показали, что тунец, из которого делают суши, содержит ртуть в опасной концентрации (чтобы избежать вреда здоровью, такие суши можно есть не чаще одного раза в три недели). Тяжёлые металлы обнаруживаются и в других сортах морской рыбы, как правило, крупной, причём рыба, выловленная в Атлантическом океане, чаще обнаруживает высокое содержание ртути.